穿拖鞋跑步首先会对脚部健康造成不良影响。拖鞋通常缺乏足够的支撑和稳定性，在跑步过程中，脚部无法得到良好的固定。这会导致脚部肌肉需要额外用力来维持平衡，容易引起脚部肌肉疲劳。而且，拖鞋的鞋底一般较薄，缓冲性能差，跑步时地面的冲击力会直接作用于脚部，长期如此，可能会引发足底筋膜炎、跟腱炎等疾病，给脚部带来较大的疼痛和损伤。
穿拖鞋跑步时，脚踝的稳定性会受到严重影响。由于拖鞋不能像专业跑鞋那样包裹脚踝，为其提供支撑，在跑步过程中，脚踝容易出现过度内翻或外翻的情况。一旦发生这种情况，就很可能导致脚踝扭伤，轻者会造成脚踝周围的韧带拉伤，出现肿胀、疼痛的症状，影响正常行走；重者可能会导致韧带撕裂，需要较长时间的治疗和恢复，甚至会留下后遗症，影响日后的运动能力。
穿拖鞋跑步还会对膝关节产生负面影响。正常情况下，专业跑鞋可以通过良好的缓冲和支撑，帮助减轻跑步时对膝关节的压力。然而，拖鞋的缓冲性能不足，跑步时地面的冲击力会通过腿部传导到膝关节。这会使膝关节承受更大的压力，加速膝关节软骨的磨损，增加患膝关节疾病的风险，如膝关节骨性关节炎等。长时间穿拖鞋跑步，还可能导致膝关节疼痛、活动受限等问题，严重影响生活质量。
从跑步效率的角度来看，穿拖鞋跑步会大大降低运动效果。拖鞋在跑步过程中容易与脚部脱离，这就需要跑步者花费额外的精力去控制拖鞋，无法全身心地投入到跑步中。而且，由于拖鞋的不稳定性，跑步者的步伐会受到限制，难以保持稳定的节奏和合适的步幅，导致跑步速度下降，身体消耗的能量也不能得到有效的利用，从而降低了跑步的效率，无法达到预期的锻炼效果。
穿拖鞋跑步还存在诸多安全隐患。拖鞋的鞋底摩擦力相对较小，在跑步过程中，尤其是在湿滑的地面或转弯时，容易滑倒。一旦滑倒，可能会导致身体多处受伤，如擦伤、骨折等。此外，拖鞋的后跟通常是敞开的，在跑步时可能会被其他物体勾住，导致跑步者摔倒。而且，在户外跑步时，拖鞋不能为脚部提供足够的保护，容易被路上的尖锐物体刺伤，给身体带来不必要的伤害。