微波理疗仪在医疗和康复领域应用广泛，但也存在一定危害。首先是对皮肤的影响。微波理疗仪工作时会产生热量，若使用不当，如距离皮肤过近、照射时间过长，可能导致皮肤出现烫伤。皮肤会出现红肿、疼痛等症状，严重时甚至会起水泡、脱皮。而且，皮肤的修复需要一定时间，在此期间患者会感到不适，影响正常生活。此外，皮肤烫伤后若护理不当，还可能引发感染，进一步加重病情。
眼睛是人体较为敏感的器官，微波对眼睛的伤害不容小觑。长时间或高强度的微波辐射可能会损伤眼睛的晶状体，使其蛋白质发生变性，进而引发白内障。患者可能会出现视力模糊、眼前有黑影等症状，严重影响视觉质量。而且，眼睛的损伤往往是不可逆的，一旦患上白内障，可能需要通过手术等方式进行治疗。即使经过治疗，也可能无法完全恢复到原来的视力水平。
微波理疗仪产生的微波辐射可能会对生殖系统造成影响。对于男性来说，可能会影响精子的质量和数量，导致精子活力下降、畸形率增加等问题，从而影响生育能力。对于女性而言，可能会影响卵巢的功能，干扰正常的内分泌系统，导致月经紊乱等情况。生殖系统的健康关系到人类的繁衍，一旦受到损害，可能会给个人和家庭带来沉重的心理负担。
神经系统对微波辐射也较为敏感。长期接触微波理疗仪的微波辐射，可能会导致神经系统功能紊乱。患者可能会出现头痛、头晕、失眠、记忆力减退等症状，影响日常生活和工作效率。神经系统的损伤是一个逐渐积累的过程，初期症状可能不明显，但随着时间的推移，症状会逐渐加重。而且，神经系统的修复相对困难，一旦出现损伤，可能需要长期的治疗和康复。
除了上述危害外，微波理疗仪还可能存在其他潜在危害。例如，它可能会干扰体内的电子设备，如心脏起搏器等，影响其正常工作，给患者的生命安全带来威胁。此外，微波辐射还可能对免疫系统产生一定的抑制作用，使人体更容易受到外界病菌的侵袭，增加患病的风险。在使用微波理疗仪时，必须充分了解其危害，严格按照操作规程使用，以降低潜在风险。