睡眠环境是影响晨起头疼的重要因素之一。如果睡眠环境过于嘈杂，噪音会干扰正常的睡眠周期，使大脑无法得到充分的休息。比如，住在马路边或者施工现场附近，车辆的行驶声、机器的轰鸣声等持续不断，会让人在睡眠中频繁惊醒，导致睡眠质量下降，早上起来就容易出现头疼的症状。另外，睡眠环境的温度和湿度也很关键。温度过高或过低，湿度不合适，都会让人感觉不舒服，影响睡眠。例如，在炎热的夏天，如果室内没有空调，闷热的环境会使人烦躁不安，难以进入深度睡眠，进而引发头疼。
不良的睡眠姿势也可能是晨起头疼的罪魁祸首。长时间保持不正确的睡姿，会使颈部肌肉处于紧张状态，压迫颈部神经和血管，影响脑部的血液供应。比如，有些人习惯趴着睡，这种姿势会使颈部过度扭曲，阻碍血液循环，导致大脑缺氧，从而引起头疼。还有人喜欢用过高或过低的枕头，过高的枕头会使颈部前屈，压迫椎动脉，影响脑部供血；而过低的枕头则会使颈部过度后仰，同样会对颈部血管和神经造成压迫，引发头疼。此外，侧卧时如果身体扭曲，也会影响脊柱的正常生理曲度，间接导致头疼。
一些疾病也会导致早上起来头疼。高血压患者在早晨血压容易出现波动，如果血压控制不佳，血压升高会导致颅内血管压力增大，引起头疼。鼻窦炎患者在夜间睡眠时，鼻窦内的分泌物会积聚，导致鼻窦内压力升高，刺激神经，引发头疼，而且这种头疼通常在晨起时较为明显。另外，偏头痛患者也可能在早上发作，偏头痛的病因较为复杂，可能与遗传、内分泌、饮食等多种因素有关，早上起来时人体的激素水平和生理状态发生变化，容易诱发偏头痛发作。
心理压力过大同样会造成晨起头疼。现代社会人们面临着各种各样的压力，如工作压力、生活压力、学习压力等。长期处于高压力状态下，大脑会一直处于紧张状态，即使在睡眠中也难以完全放松。压力会导致身体分泌一些应激激素，如肾上腺素、皮质醇等，这些激素会影响血管的收缩和舒张，导致脑部血管痉挛，引起头疼。而且，心理压力还可能导致失眠、多梦等睡眠问题，进一步加重头疼的症状。例如，一个面临重要考试的学生，由于过度焦虑和紧张，晚上睡眠质量差，早上起来就很容易出现头疼的情况。
饮食和药物也可能对晨起头疼产生影响。前一天晚上摄入过多含咖啡因的食物或饮料，如咖啡、茶、巧克力等，咖啡因具有兴奋神经的作用，会影响睡眠质量，导致早上起来头疼。另外，酒精也会对大脑产生刺激，饮酒过量后，酒精在体内代谢会产生一些有害物质，影响脑部的正常功能，引起头疼。某些药物也可能有导致头疼的副作用，比如降压药、血管扩张剂等，如果在睡前服用这些药物，可能会在早上出现头疼的不良反应。