应激性肠炎是一种在应激状态下引发的肠道功能紊乱疾病，合理用药对于缓解症状、促进康复至关重要。在选择药物时，需要综合考虑患者的具体症状和病情。一般来说，常用的药物类型有调节肠道菌群类、止泻类、解痉止痛类、抗焦虑抑郁类以及改善肠道动力类等。
肠道菌群失调是应激性肠炎常见的问题之一。调节肠道菌群的药物可以帮助恢复肠道内有益菌和有害菌的平衡，增强肠道的免疫力和屏障功能。常见的药物如双歧杆菌四联活菌片，它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等多种有益菌。这些益生菌能够在肠道内定植，抑制有害菌的生长繁殖，改善肠道微生态环境。此外，地衣芽孢杆菌活菌胶囊也是常用药物，它可以促使肠道内的有益菌生长，调节肠道菌群，对于缓解腹泻、腹胀等症状有较好的效果。
如果应激性肠炎患者出现严重的腹泻症状，就需要使用止泻药物来控制。蒙脱石散是一种常用的止泻药，它具有层纹状结构及非均匀性电荷分布，对消化道内的病毒、病菌及其产生的毒素有固定、抑制作用，对消化道黏膜有覆盖能力，并通过与黏液糖蛋白相互结合，从质和量两方面修复、提高黏膜屏障对攻击因子的防御功能。洛哌丁胺也可用于急、慢性腹泻的治疗，它作用于肠壁的阿片受体，阻止乙酰胆碱和前列腺素的释放，从而抑制肠蠕动，延长肠内容物的滞留时间。
应激性肠炎患者常常会伴有肠道痉挛和腹痛的症状，此时需要使用解痉止痛药物。匹维溴铵是一种选择性胃肠道钙离子拮抗剂，它可以直接作用于胃肠道平滑肌细胞，抑制钙离子流入细胞内，从而解除肠道平滑肌的痉挛，缓解腹痛症状。曲美布汀也具有调节胃肠道运动的作用，它能够改善胃肠运动功能紊乱，对于缓解腹痛、腹胀、腹泻等症状有一定的效果，还能调节肠道的敏感性。
应激性肠炎与精神心理因素密切相关，很多患者会伴有焦虑、抑郁等情绪问题。抗焦虑抑郁药物可以改善患者的精神状态，从而间接缓解肠道症状。如氟西汀，它是一种选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，能够增加突触间隙中5-羟色胺的浓度，改善患者的抑郁、焦虑情绪。帕罗西汀也有类似的作用，它可以调节大脑中的神经递质，减轻患者的精神压力，对于伴有精神症状的应激性肠炎患者有较好的治疗效果。
部分应激性肠炎患者会出现肠道动力异常的情况，如肠道蠕动过快或过慢。莫沙必利是一种促胃肠动力药，它可以刺激胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5-HT4受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道的运动，改善消化不良、腹胀等症状。伊托必利也能促进胃肠蠕动，增强胃和十二指肠运动，加速胃排空，对于缓解应激性肠炎引起的胃肠动力障碍有一定作用。