早上起来拉肚子可能是腹部着凉所致。夜间睡眠时，若没有盖好被子，尤其是腹部暴露在外，很容易受到寒冷刺激。腹部着凉会使胃肠道的蠕动加快，打乱了正常的消化节奏。胃肠道在受到寒冷刺激后，其平滑肌会发生痉挛性收缩，导致食物在肠道内的停留时间缩短，不能被充分消化和吸收。此外，寒冷还会影响胃肠道的血液循环，使消化液的分泌减少，进一步影响消化功能。这样一来，食物就会以较快的速度通过肠道，最终导致腹泻。而且，腹部着凉引起的腹泻通常起病较急，可能还会伴有腹痛的症状，疼痛程度因人而异。
饮食方面的问题也是导致早上起来拉肚子的常见原因。前一天晚上如果进食了过多辛辣、油腻、生冷的食物，会给胃肠道带来很大的负担。辛辣食物会刺激胃肠道黏膜，使其处于充血、水肿的状态，影响胃肠道的正常功能。油腻食物含有大量的脂肪，不易消化，容易在肠道内积聚，导致肠道蠕动紊乱。生冷食物则会使胃肠道的温度降低，影响消化酶的活性，进而影响食物的消化和吸收。另外，如果食用了不洁食物，其中可能含有细菌、病毒或寄生虫等病原体，这些病原体进入肠道后会引发感染，导致肠道炎症，出现腹泻、腹痛、呕吐等症状。比如食用了变质的海鲜、过期的食品等，都可能引发这种情况。
一些肠道疾病也会造成早上起来拉肚子。例如肠易激综合征，这是一种常见的功能性肠道疾病，其发病机制与肠道动力异常、内脏感觉过敏、精神心理因素等有关。患者的肠道对各种刺激的敏感性增加，早上起床后，由于身体的生物钟调节以及体位的改变等因素，可能会诱发肠道的异常蠕动，从而导致腹泻。溃疡性结肠炎也是导致晨起腹泻的原因之一，它是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，病变主要累及直肠和结肠黏膜及黏膜下层。炎症会导致肠道黏膜受损，分泌大量黏液，影响肠道的正常吸收和排泄功能，使得患者经常出现腹泻、黏液脓血便等症状。
内分泌及代谢紊乱也可能与早上起来拉肚子有关。甲状腺功能亢进患者，甲状腺激素分泌过多，会加快身体的新陈代谢速度，包括胃肠道的蠕动。胃肠道蠕动过快，食物在肠道内停留时间过短，就会导致营养物质不能充分吸收，从而引起腹泻。另外，糖尿病患者如果长期血糖控制不佳，可能会引发糖尿病性肠病。高血糖会损害肠道的自主神经，导致肠道功能紊乱，出现腹泻与便秘交替的症状，早上起来拉肚子就是其中一种表现。而且，内分泌及代谢紊乱引起的腹泻往往还会伴有其他症状，如甲状腺功能亢进患者可能会有消瘦、心慌、多汗等症状，糖尿病患者则有血糖异常升高等表现。
精神心理因素对胃肠道功能有着重要的影响。长期处于精神紧张、焦虑、抑郁等状态下，会影响神经系统对胃肠道的调节。早上起床时，人体从睡眠状态过渡到清醒状态，精神压力可能会在这个时候集中体现出来。精神紧张会使胃肠道的蠕动和分泌功能失调，导致肠道痉挛，从而引起腹泻。例如，面临重要考试、工作压力过大等情况时，很多人会出现“肠应激”反应，表现为早上起来拉肚子。而且，这种由精神心理因素导致的腹泻，在情绪得到缓解后，症状可能会有所减轻。同时，长期的精神心理问题还可能会加重胃肠道疾病的症状，形成恶性循环。