转基因玉米是通过基因工程技术改变玉米的基因组成，以达到特定的性状，如抗虫、抗除草剂等。然而，这种经过人工改造的作物也可能带来一些危害。
转基因玉米可能对人体健康产生潜在风险。一方面，转基因玉米中引入的新基因可能表达出一些新的蛋白质，这些蛋白质有可能成为过敏原，引发人体的过敏反应。例如，某些人可能对转基因玉米中特定的蛋白质过敏，但由于难以提前知晓，在食用后可能出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等过敏症状。另一方面，长期食用转基因玉米对人体的影响还不明确。虽然目前没有确凿的证据表明转基因玉米会对人体造成直接危害，但一些研究认为，转基因玉米中的基因片段可能会在人体内发生水平转移，整合到人体细胞的基因组中，从而影响人体的正常生理功能。而且，转基因玉米在生产过程中可能使用了特定的农药和化肥，这些化学物质的残留也可能对人体健康产生不良影响。
转基因玉米对生态环境的破坏是不可忽视的。首先，转基因玉米可能会影响非目标生物的生存。例如，抗虫转基因玉米会产生一种对害虫有毒的蛋白质，这种蛋白质不仅会杀死目标害虫，还可能对其他有益昆虫产生影响。像蝴蝶等昆虫的幼虫可能会误食含有这种蛋白质的花粉或叶片，从而导致其死亡或发育异常，进而影响整个生态系统的生物多样性。其次，转基因玉米的基因可能会通过花粉传播等方式扩散到野生植物中，产生所谓的“超级杂草”。这些“超级杂草”具有更强的抗逆性和繁殖能力，会与农作物争夺养分、水分和阳光，严重影响农作物的生长和产量，破坏农业生态系统的平衡。
在农业生产方面，转基因玉米也存在一些负面影响。长期种植转基因玉米可能会导致害虫和杂草产生抗性。由于转基因玉米持续表达对害虫有毒的蛋白质，害虫在长期的选择压力下，会逐渐进化出抗性，使得原本有效的防治措施失效。同样，长期使用针对转基因玉米的除草剂，也会使杂草产生抗性，导致杂草越来越难以控制。这就需要农民不断增加农药和除草剂的使用量，不仅增加了生产成本，还会对环境造成更大的污染。此外，转基因玉米的种子往往被少数几家大型生物技术公司垄断，农民需要每年购买新的种子，这增加了农民的种植成本和对种子公司的依赖，一旦种子供应出现问题，将对农业生产造成严重影响。
转基因玉米对粮食安全也带来了挑战。从国际层面来看，一些国家大量种植转基因玉米并出口，可能会对其他国家的粮食主权造成威胁。如果一个国家过度依赖进口转基因玉米，当出口国出现政治、经济或自然灾害等问题时，可能会导致玉米供应中断，影响该国的粮食安全。在国内层面，转基因玉米的推广可能会挤压传统玉米品种的种植空间，导致传统玉米品种的遗传资源流失。传统玉米品种经过长期的自然选择和人工选育，具有丰富的遗传多样性，是保障粮食安全的重要基因库。一旦这些传统品种消失，可能会使粮食生产在面对气候变化、病虫害等挑战时缺乏足够的遗传资源来应对。
转基因玉米还引发了一系列伦理和社会问题。从伦理角度看，对玉米进行基因改造违背了自然的进化规律，人为地改变了生物的基因组成，可能会引发一些不可预见的后果。而且，消费者对转基因食品的知情权和选择权也受到了挑战。很多时候，消费者难以分辨市场上的玉米是否为转基因产品，无法自主选择是否食用转基因玉米。在社会层面，转基因玉米的推广可能会加剧社会的贫富差距。大型农业企业和生物技术公司在转基因玉米的研发和推广中占据主导地位，他们能够获得更多的经济利益，而小农户可能因为无法承担转基因玉米的种植成本或缺乏相关技术支持，而在市场竞争中处于劣势，进一步加剧了农村社会的贫富分化。