金匮肾气丸作为中医经典方剂，其配方组成蕴含着深厚的中医智慧。它主要由干地黄、山药、山茱萸、泽泻、茯苓、牡丹皮、桂枝、附子八味药材组成。干地黄在方中用量最大，它具有滋阴补血、益精填髓的功效。中医认为，肾主藏精，干地黄能够滋养肾阴，为肾脏提供充足的阴液，使肾阴得以充养，从而维持肾脏的正常生理功能。在人体的生长发育、生殖等过程中，肾阴起着至关重要的作用，干地黄的运用为整个方剂奠定了滋阴的基础。
山药和山茱萸是金匮肾气丸中重要的两味药材。山药味甘，性平，归脾、肺、肾经。它不仅能够补脾养胃，还能生津益肺、补肾涩精。在方剂中，山药可以增强脾胃的运化功能，使人体能够更好地吸收营养物质，为肾脏提供充足的后天之精。山茱萸具有补益肝肾、收涩固脱的功效。它能够滋养肝肾之阴，同时收敛精气，防止精气的过度外泄。山药和山茱萸相互配合，一个侧重于补养后天，一个侧重于滋养先天，两者协同作用，共同增强肾脏的功能，使肾阴和肾阳都能得到有效的补充和调节。
泽泻、茯苓和牡丹皮在金匮肾气丸中起到了重要的辅助作用。泽泻味甘、淡，性寒，归肾、膀胱经。它具有利水渗湿的功效，能够帮助人体排出多余的水分和湿气，防止水湿在体内积聚。茯苓味甘、淡，性平，归心、肺、脾、肾经。它不仅能够利水渗湿，还能健脾宁心。在方剂中，茯苓可以增强脾胃的运化功能，同时帮助肾脏排出多余的水分。牡丹皮味苦、辛，性微寒，归心、肝、肾经。它具有清热凉血、活血化瘀的功效。在金匮肾气丸中，牡丹皮可以防止滋阴药物过于滋腻，同时清热凉血，防止阴虚生热。这三味药材相互配合，使方剂补而不滞，避免了滋补药物可能带来的副作用。
桂枝和附子是金匮肾气丸中温阳的关键药材。桂枝味辛、甘，性温，归心、肺、膀胱经。它具有发汗解肌、温通经脉、助阳化气的功效。在方剂中，桂枝能够温通心阳和肾阳，促进气血的运行，使阳气能够布散到全身。附子味辛、甘，性大热，有毒，归心、肾、脾经。它具有回阳救逆、补火助阳、散寒止痛的功效。附子是温阳的要药，能够峻补元阳，使肾阳得以振奋。桂枝和附子少量配伍，意在微微生火，以鼓舞肾气，使肾中阴阳达到平衡。它们的运用体现了中医“少火生气”的理论，避免了过度温燥而伤阴。
金匮肾气丸的配方组成精妙，各味药材相互配伍，具有独特的意义。从整体来看，它以滋阴药为主，配以少量的温阳药，体现了“阴中求阳”的配伍原则。通过滋阴药物的滋养，使肾阴充足，为肾阳的生发提供物质基础；而少量温阳药的运用，则能够激发肾中阳气的活力，使阴阳相互依存、相互转化。这种配伍方式既能达到补养肾脏的目的，又能避免单纯滋阴或温阳带来的弊端。同时，方剂中还运用了利水渗湿和清热凉血的药物，使整个方剂补而不滞、滋而不腻，能够更好地发挥调节肾脏功能的作用，对肾虚引起的多种病症具有良好的治疗效果。