红芪和黄芪在植物来源方面存在显著差异。红芪来源于豆科岩黄芪属植物多序岩黄芪的干燥根。多序岩黄芪为多年生草本，生长于海拔2000-3000米的山坡灌丛或沟谷草丛中。其植株具有独特的形态特征，茎直立，被柔毛。而黄芪一般指蒙古黄芪或膜荚黄芪的干燥根。蒙古黄芪分布于中国内蒙古、山西、黑龙江等地，膜荚黄芪在中国东北、华北及西北等地都有分布。它们生长的环境也有所不同，黄芪多生长在山坡、沟旁或疏林下。不同的植物来源决定了它们在后续的成分、功效等方面可能会有差异。
从外观上看，红芪和黄芪也有明显的不同。红芪根呈圆柱形，少有分枝，表面灰红棕色，外皮易脱落，可见皮孔及纵皱纹。质地硬而韧，断面纤维性，并显粉性，皮部黄白色，木部淡黄棕色，射线放射状，形成层环浅棕色。而黄芪根呈圆柱形，有的有分枝，表面淡棕黄色或淡棕褐色，有不整齐的纵皱纹或纵沟。质硬而韧，不易折断，断面纤维性强，并显粉性，皮部黄白色，木部淡黄色，有放射状纹理及裂隙，老根中心偶有枯朽状，黑褐色或呈空洞。通过仔细观察外观，我们可以初步判断是红芪还是黄芪。
红芪和黄芪的成分有所不同。红芪含有多糖、黄酮、皂苷等成分。其中多糖具有免疫调节、抗氧化等作用；黄酮类化合物有抗炎、抗菌等功效。黄芪同样含有多糖、黄酮、皂苷等成分，但在具体的含量和种类上与红芪存在差异。黄芪中的黄芪甲苷是其重要的活性成分之一，具有增强机体免疫功能、保肝、利尿等作用。不同的成分决定了它们在功效上会有一些侧重点，这也是它们在药用价值上有所不同的关键因素。
在功效作用方面，红芪和黄芪有相似之处，但也有不同。两者都有补气的作用，可用于治疗气虚乏力等症状。红芪还具有托疮生肌、利尿等功效，常用于治疗气虚水肿、痈疽难溃、久溃不敛等病症。黄芪的功效更为广泛，除了补气、托毒生肌、利水消肿外，还能升阳举陷，可用于治疗中气下陷所致的脏器脱垂等病症。在临床应用中，医生会根据患者的具体情况选择使用红芪或黄芪。例如，对于一些症状较轻的气虚患者，可能会选择红芪；而对于中气下陷等较为复杂的病症，则会优先考虑黄芪。
在使用红芪和黄芪时，也有一些注意事项。红芪一般用量为9-30克，实证及阴虚阳盛者忌服。在使用过程中，要注意观察患者的反应，如有不适，应及时调整用药。黄芪的用量也大致在9-30克，但表实邪盛、气滞湿阻、食积内停、阴虚阳亢、痈疽初起或溃后热毒尚盛等证，均不宜用。此外，无论是红芪还是黄芪，都不宜过量使用，以免引起不良反应。同时，在与其他药物配伍使用时，要遵循医嘱，避免药物相互作用产生不良后果。正确使用红芪和黄芪，才能更好地发挥它们的药用价值，保障身体健康。