自身抗原是机体自身组织细胞所表达的抗原物质，在正常情况下，免疫系统能够识别“自我”与“非我”，不会对自身抗原产生免疫攻击。然而，当某些因素打破这种平衡时，免疫系统可能会将自身抗原视为外来异物，从而引发自身免疫性疾病。了解自身抗原的种类对于认识自身免疫性疾病的发病机制和诊断治疗具有重要意义。
隐蔽抗原是指在正常情况下，与免疫系统相对隔绝的自身组织成分。这些抗原在胚胎发育过程中，由于解剖位置的特殊性，没有与免疫系统接触，因此免疫系统将其视为“非我”物质。例如，眼球晶状体蛋白、葡萄膜色素蛋白、甲状腺球蛋白、精子等。当这些组织因外伤、感染、手术等原因释放到血液或淋巴液中时，免疫系统就会对其产生免疫应答，引发自身免疫性疾病。如眼外伤后，晶状体蛋白释放，可导致交感性眼炎；精子抗原在输精管结扎术后释放，可引起男性自身免疫性睾丸炎。
在某些物理、化学或生物因素的作用下，自身组织细胞的结构发生改变，形成新的抗原决定簇，成为修饰的自身抗原。物理因素如紫外线、电离辐射等；化学因素如药物、化学毒物等；生物因素如病毒、细菌感染等。这些因素可以使自身蛋白质发生变性、糖基化、磷酸化等修饰，从而改变其抗原性。例如，长期服用某些药物如甲基多巴，可使红细胞膜上的抗原发生改变，导致自身免疫性溶血性贫血；病毒感染后，病毒抗原与自身组织抗原结合，形成复合抗原，也可引发自身免疫反应。
在某些情况下，自身正常组织抗原也可能成为自身抗原。这可能与免疫系统的功能失调有关。例如，在老年人或患有某些慢性疾病时，免疫系统的自我识别功能下降，可能会将自身正常组织视为“非我”物质，产生自身抗体。此外，某些自身组织抗原在特定的条件下也可能具有免疫原性。如甲状腺球蛋白在正常情况下是一种隐蔽抗原，但在甲状腺功能亢进时，由于甲状腺细胞的破坏，甲状腺球蛋白大量释放，可刺激免疫系统产生自身抗体，导致自身免疫性甲状腺炎。
肿瘤细胞可以表达一些与正常组织不同的抗原，称为肿瘤相关抗原。这些抗原可以分为肿瘤特异性抗原和肿瘤相关胚胎抗原。肿瘤特异性抗原是肿瘤细胞特有的抗原，只存在于肿瘤细胞表面，而不存在于正常组织细胞表面。肿瘤相关胚胎抗原是在胚胎发育过程中表达的抗原，在正常成人组织中含量极低，但在肿瘤组织中可重新表达。例如，甲胎蛋白（AFP）在胎儿肝脏中大量合成，出生后含量迅速下降，在原发性肝癌患者中，AFP含量可显著升高；癌胚抗原（CEA）在胚胎期的胃肠道组织中表达，在结肠癌、胃癌、肺癌等多种肿瘤患者中，CEA水平也可升高。这些肿瘤相关抗原可以刺激机体产生免疫应答，对肿瘤细胞进行杀伤，但有时也可能引发自身免疫反应，导致机体对自身组织的损伤。
独特型抗原是指存在于抗体分子和T、B淋巴细胞表面抗原受体可变区的抗原决定簇。每个抗体分子和抗原受体的可变区都具有独特的氨基酸序列和空间结构，形成独特的抗原决定簇，称为独特型。独特型抗原可以刺激机体产生抗独特型抗体，从而形成独特型网络调节。在某些情况下，独特型网络调节失衡，可能会导致自身免疫性疾病的发生。例如，在类风湿关节炎患者中，可检测到抗IgG的独特型抗体，即类风湿因子，它可以与自身IgG结合，形成免疫复合物，沉积在关节等部位，引发炎症反应。