饮食因素是导致肚子微痛的常见原因之一。食用了生冷、辛辣、油腻等刺激性食物，可能会对胃肠道产生刺激，引起胃肠道痉挛，从而导致肚子微痛。比如大量食用冰淇淋后，胃肠道受到低温刺激，蠕动加快，就可能引发疼痛。此外，食物过敏或不耐受也会造成肚子微痛。有些人对乳糖不耐受，饮用牛奶后，肠道无法完全消化乳糖，就会出现腹痛、腹胀等症状。还有不洁饮食，食用了被细菌、病毒污染的食物，容易引发胃肠道感染，进而导致肚子微痛，同时可能伴有腹泻、呕吐等症状。
肠胃疾病也是引发肚子微痛的重要因素。胃炎患者的胃黏膜受到炎症刺激，会出现上腹部隐痛、饱胀、恶心等症状。这种疼痛通常在进食后会有所加重，因为食物会进一步刺激受损的胃黏膜。胃溃疡患者则会在进食一段时间后出现规律性的疼痛，这是由于胃酸分泌后刺激溃疡面导致的。十二指肠溃疡的疼痛特点则多为空腹痛，即在空腹时疼痛明显，进食后可缓解。此外，肠炎、肠易激综合征等肠道疾病也会导致肚子微痛，肠炎可能由细菌、病毒感染或自身免疫等因素引起，肠易激综合征则与精神因素、饮食等有关。
对于女性而言，妇科问题可能是肚子微痛的原因。在月经期间，子宫内膜会释放前列腺素，导致子宫收缩，引起痛经，表现为下腹部坠胀、微痛。有些女性在排卵期也会出现一侧下腹微痛，这是由于卵泡破裂，卵泡液刺激腹膜引起的，通常疼痛较为轻微，持续时间较短。此外，盆腔炎、附件炎等妇科炎症也会导致肚子微痛，这些炎症通常是由细菌感染引起的，除了腹痛外，还可能伴有白带异常、发热等症状。
泌尿系统问题同样可能导致肚子微痛。膀胱炎患者由于膀胱黏膜受到炎症刺激，会出现下腹部隐痛，同时可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。尿道炎也会引起肚子微痛，疼痛通常在排尿时加重。此外，尿路结石也会导致肚子微痛，结石在泌尿系统移动时，会刺激尿路黏膜，引起疼痛，疼痛程度可能会因结石的大小、位置不同而有所差异，有时还会伴有血尿。
除了上述因素外，还有一些其他因素可能导致肚子微痛。精神压力过大时，人体的神经系统会受到影响，导致胃肠道功能紊乱，从而引起肚子微痛。长期处于焦虑、抑郁等不良情绪中，也会对胃肠道产生不良影响。此外，腹部着凉，比如睡觉时没有盖好被子，导致腹部受寒，也会引起胃肠道痉挛，出现肚子微痛的症状。运动时呼吸节奏紊乱，岔气也可能导致肚子微痛，这种疼痛通常在休息后会逐渐缓解。