在菌类世界中，云芝和灵芝常被提及，它们虽同属真菌，但有着诸多区别。首先从形态特征来看，云芝的菌盖呈半圆形至贝壳状，覆瓦状排列，表面有细长的绒毛，有多种颜色组成狭窄的同心环形，似云彩般绚丽，故而得名云芝。其质地较薄且柔软。而灵芝的菌盖多为肾形、半圆形或近圆形，表面有光泽，颜色相对较为单一，常见有红褐色、紫褐色等，质地较硬，有一定的木质化程度。
云芝和灵芝在生长环境上也有明显不同。云芝通常生长在杨树、桦树、栎树等阔叶树的枯立木、倒木和伐桩上，对环境的适应能力较强，在湿度较高、通风良好的山林中较为常见。它能在多种腐朽的木材上生长繁殖，分布范围广泛。灵芝则偏好生长在深山老林的枯树根上，对生长环境要求较为苛刻。它需要适宜的温度、湿度和光照条件，一般生长在海拔较高、空气清新、植被丰富的山林中，如长白山、武夷山等地。
两者的药用价值各有千秋。云芝具有免疫调节、抗肿瘤、保肝等功效。其含有的云芝多糖能增强人体免疫力，抑制肿瘤细胞的生长和扩散，对慢性肝炎、早期肝硬化等疾病有一定的辅助治疗作用。灵芝的药用价值更为广泛，它被视为滋补强壮、扶正固本的珍贵中药材。灵芝能调节人体免疫系统、神经系统、心血管系统等，具有镇静安神、止咳平喘、延缓衰老等多种功效，对神经衰弱、冠心病、慢性支气管炎等疾病有较好的治疗效果。
在食用方法上，云芝一般制成云芝菌片、云芝多糖胶囊等药品或保健品，也可将云芝切成小块，与其他食材一起煲汤，如与排骨、鸡肉等搭配，既能增加汤的营养价值，又能发挥云芝的药用功效。灵芝的食用方法更为多样，可将灵芝切片后煮水饮用，也可用来泡酒，长期饮用能强身健体。此外，灵芝还可以与红枣、桂圆等食材一起炖服，具有很好的滋补作用。
由于生长环境、药用价值等因素的影响，云芝和灵芝的市场价格差异较大。云芝资源相对丰富，生长周期较短，其价格相对较为亲民，普通消费者都能接受。灵芝生长周期长，生长环境要求高，且产量有限，尤其是野生灵芝，数量稀少，价格昂贵。人工种植的灵芝价格相对较低，但品质较好的灵芝价格也不便宜。