药物不良反应是在药物治疗过程中出现的与治疗目的无关的有害反应。其中，副作用是较为常见的一种。副作用通常是在治疗剂量下发生的，是药物本身固有的作用。例如，使用阿托品治疗胃肠绞痛时，患者可能会出现口干、视力模糊等症状。这是因为阿托品在解除胃肠平滑肌痉挛的同时，也会对其他器官的平滑肌产生作用。副作用一般比较轻微，而且是可以预知的。医生在开药时通常会告知患者可能出现的副作用，患者在用药过程中如果出现这些症状不必过于惊慌，但如果症状严重或持续不缓解，应及时告知医生。
毒性反应是指药物剂量过大或用药时间过长引起的机体损害性反应。可分为急性毒性和慢性毒性。急性毒性多在短期内由于过量用药而迅速发生，比如过量使用洋地黄类药物，可能会导致心律失常、恶心、呕吐等急性中毒症状。慢性毒性则是长期用药后逐渐产生的，可能涉及多个系统和器官。例如，长期使用某些抗生素可能会导致肝肾功能损害。药物的毒性反应往往是可以避免的，医生在用药时会根据患者的年龄、体重、病情等因素严格控制药物剂量和用药时间。患者在用药过程中也应严格按照医嘱服药，不自行增减剂量或延长用药时间。
变态反应也称为过敏反应，是机体受药物刺激后发生的异常免疫反应。这种反应与药物的剂量无关，而且不同的人对同一药物的过敏反应表现可能不同。常见的过敏反应症状包括皮疹、瘙痒、呼吸困难、过敏性休克等。例如，青霉素是一种容易引起过敏反应的药物，在使用前必须进行皮试。即使皮试结果为阴性，在用药过程中也可能会出现迟发性过敏反应。对于有药物过敏史的患者，在就医时应主动告知医生，医生会避免使用可能引起过敏的药物，并选择其他替代药物进行治疗。
后遗效应是指停药后血药浓度已降至阈浓度以下时残存的药理效应。这种效应可能是短暂的，也可能是持久的。例如，服用巴比妥类催眠药后，次日清晨可能会出现头晕、困倦等宿醉现象，这就是一种短暂的后遗效应。而长期使用肾上腺皮质激素，停药后可能会导致肾上腺皮质功能减退，这种后遗效应可能会持续较长时间。后遗效应的发生与药物的作用机制和药代动力学特点有关。医生在用药时会考虑到药物可能产生的后遗效应，并采取相应的措施进行预防和处理。
特异质反应是指少数特异体质患者对某些药物反应特别敏感，反应性质也可能与常人不同，但与药物固有的药理作用基本一致。这种反应大多是由于患者体内缺乏某种酶或酶的活性异常所致。例如，葡萄糖 -6 -磷酸脱氢酶缺乏的患者，在使用伯氨喹、磺胺类等药物时，可能会发生溶血性贫血。特异质反应的发生具有遗传倾向，医生在用药前会详细询问患者的家族病史和用药史，对于有特异质反应倾向的患者，会谨慎选择药物，避免使用可能诱发特异质反应的药物。