在女性生殖系统中，初级卵母细胞和次级卵母细胞是卵子发生过程中的两个重要阶段。它们在细胞的形成与发育过程中存在显著差异。初级卵母细胞是在胎儿期就已经形成的，在胚胎发育的早期，卵原细胞通过有丝分裂增殖，随后部分卵原细胞进入减数分裂前期Ⅰ，并停滞在这个阶段，此时就形成了初级卵母细胞。这些初级卵母细胞会一直停滞在减数分裂前期Ⅰ，直到女性进入青春期。而次级卵母细胞则是由初级卵母细胞在排卵前完成减数第一次分裂后形成的。当女性进入青春期后，在每个月经周期中，会有一个初级卵母细胞继续完成减数第一次分裂，产生一个次级卵母细胞和一个第一极体。次级卵母细胞会迅速进入减数第二次分裂，但会停滞在中期Ⅱ，直到受精时才会继续完成减数第二次分裂。
初级卵母细胞和次级卵母细胞在染色体数量上有明显的不同。初级卵母细胞处于减数分裂前期Ⅰ，它的染色体数目与体细胞相同，为二倍体（2n）。这意味着初级卵母细胞含有两套完整的染色体组，携带了个体的全部遗传信息。在人类中，初级卵母细胞的染色体数目为46条。而次级卵母细胞是初级卵母细胞经过减数第一次分裂后形成的。在减数第一次分裂过程中，同源染色体分离，导致染色体数目减半。因此，次级卵母细胞的染色体数目为单倍体（n）。在人类中，次级卵母细胞的染色体数目为23条。这种染色体数量的变化是卵子发生过程中的一个重要特征，它确保了在受精后，受精卵的染色体数目能够恢复到二倍体状态，维持物种的染色体数目稳定。
从细胞形态上看，初级卵母细胞和次级卵母细胞也有各自的特点。初级卵母细胞体积相对较大，这是因为它在生长过程中积累了大量的营养物质，为后续的发育和可能的受精做准备。初级卵母细胞具有一个明显的细胞核，核仁清晰可见，染色质呈细丝状，分布在细胞核内。此外，初级卵母细胞周围通常有一层透明带，它是由糖蛋白组成的，对初级卵母细胞起到保护和识别的作用。次级卵母细胞的体积相对较小，它的细胞质中含有较少的营养物质。次级卵母细胞的细胞核相对较小，染色质浓缩程度较高。在次级卵母细胞的表面，也有透明带存在，但此时的透明带可能会发生一些结构和化学性质的变化，以适应受精过程。同时，次级卵母细胞还会排出一个第一极体，第一极体体积较小，位于透明带和次级卵母细胞之间。
初级卵母细胞和次级卵母细胞在生理功能上也有所不同。初级卵母细胞的主要功能是储存遗传信息和营养物质。在胎儿期形成后，初级卵母细胞会在卵巢中等待多年，直到青春期开始后，才会在每个月经周期中被激活。初级卵母细胞在生长过程中，会合成大量的蛋白质、RNA和其他生物分子，这些物质将为后续的胚胎发育提供必要的物质基础。次级卵母细胞的主要功能是准备受精。当次级卵母细胞形成后，它会被排出卵巢，进入输卵管。在输卵管中，如果遇到精子，次级卵母细胞会完成减数第二次分裂，产生一个成熟的卵子和一个第二极体。成熟的卵子与精子结合后，形成受精卵，开始胚胎发育的过程。如果没有遇到精子，次级卵母细胞会在一段时间后死亡，并随着月经排出体外。
初级卵母细胞和次级卵母细胞的发育潜能也存在差异。初级卵母细胞具有较高的发育潜能，因为它含有完整的二倍体染色体组，携带了个体的全部遗传信息。在理论上，初级卵母细胞可以发育成一个完整的个体，但在自然情况下，初级卵母细胞需要经过减数分裂和受精等一系列过程才能实现这一潜能。次级卵母细胞的发育潜能相对较低，它只有在受精后才能继续完成减数第二次分裂，发育成一个成熟的卵子。如果没有受精，次级卵母细胞会逐渐退化死亡。此外，次级卵母细胞的发育还受到多种因素的影响，如年龄、环境等。随着女性年龄的增长，次级卵母细胞的质量会逐渐下降，受精和发育成胚胎的能力也会降低。