体内有真菌时，皮肤方面会出现明显表现。真菌侵犯皮肤后，可能引发多种皮肤疾病。例如体癣，常表现为边界清晰的圆形或椭圆形红斑，边缘会有丘疹、水疱，伴有瘙痒感。随着病情发展，红斑可能会逐渐扩大，中央部分有自愈倾向。手足癣也是常见的皮肤真菌感染疾病，分为水疱型、浸渍糜烂型和鳞屑角化型。水疱型会在手掌、足底或指（趾）间出现深在性水疱，不易破裂；浸渍糜烂型表现为指（趾）间皮肤浸渍发白，表面松软易剥脱，露出潮红糜烂面；鳞屑角化型则皮肤增厚、粗糙、脱屑，冬季易发生皲裂。此外，头癣会导致头皮出现鳞屑、脱发等症状，严重影响患者的外观和生活质量。
当真菌侵袭呼吸道时，会引起一系列呼吸道症状。轻度感染可能表现为咳嗽，这种咳嗽可能是持续性的，也可能是间歇性的，且痰液可能增多。痰液的性状也会有所改变，可能变得黏稠，颜色可能为白色或黄色。随着感染加重，患者可能会出现呼吸困难的情况，尤其是在活动后更为明显。真菌性肺炎是呼吸道真菌感染较为严重的情况，患者除了上述症状外，还可能伴有发热、胸痛等症状。发热的程度和持续时间因人而异，有些患者可能是低热，持续数天；而有些患者可能会出现高热，体温可达 39℃甚至更高。胸痛的性质可能为刺痛或钝痛，会影响患者的呼吸和活动。长期的呼吸道真菌感染还可能导致肺部结构的改变，增加慢性阻塞性肺疾病等其他肺部疾病的发生风险。
消化道感染真菌后，症状较为多样。口腔念珠菌病是常见的消化道真菌感染，主要表现为口腔黏膜上出现白色斑块或斑点，可擦去，下方黏膜发红。患者可能会感到口腔疼痛、味觉减退，影响进食和说话。食管真菌感染时，患者会出现吞咽困难、胸骨后疼痛等症状。吞咽困难可能逐渐加重，从最初进食固体食物困难发展到进食液体食物也有障碍。胸骨后疼痛可能类似于心绞痛，但通常与进食有关，在吞咽时疼痛加剧。胃肠道真菌感染还可能导致腹泻、腹痛等症状。腹泻的程度和频率各不相同，有些患者可能每天腹泻数次，粪便呈稀水样；而有些患者可能腹泻较为严重，伴有脱水和电解质紊乱的情况。腹痛的部位和性质也有所差异，可能是全腹疼痛，也可能是局部疼痛，疼痛性质可为隐痛、胀痛或绞痛。
在泌尿生殖系统，真菌感染也会带来明显的不适。女性霉菌性阴道炎是常见的泌尿生殖系统真菌感染疾病，主要症状为外阴瘙痒、灼痛，白带增多且呈豆腐渣样。外阴瘙痒症状较为严重，常常会让患者坐立不安，影响日常生活和睡眠。白带的异常改变是霉菌性阴道炎的典型表现，豆腐渣样白带增多且质地黏稠。男性真菌性龟头炎则表现为龟头红肿、瘙痒、疼痛，严重时可能出现溃疡和分泌物增多。患者在排尿时可能会感到尿道灼热感，性生活时也会有疼痛不适的感觉。泌尿系统真菌感染还可能导致尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状。尿频表现为排尿次数明显增多，可能每隔几分钟就需要排尿一次；尿急则是有强烈的尿意，难以控制；尿痛则是在排尿时尿道或会阴部感到疼痛，这些症状会给患者带来很大的痛苦。
当体内真菌广泛感染或感染较为严重时，会出现全身性症状。患者可能会出现发热、乏力、消瘦等症状。发热是全身性感染的常见表现，体温可能持续升高，且使用普通的退热药物效果不佳。乏力症状会让患者感到全身疲倦、无力，活动耐力明显下降，日常活动如上下楼梯、步行等都会感到困难。消瘦也是全身性真菌感染的一个重要表现，由于身体消耗增加，患者的体重会逐渐下降。此外，患者的免疫系统会受到影响，导致免疫力下降，更容易受到其他病原体的侵袭，引发其他感染性疾病。全身性真菌感染如果不及时治疗，还可能危及生命，因此一旦出现全身性症状，应及时就医进行诊断和治疗。