蒙药和中药在理论基础上存在显著差异。中药以中医理论为指导，中医强调阴阳五行学说，认为人体是一个有机的整体，疾病的发生是阴阳失衡、五行生克异常所致。治疗上注重调整人体的阴阳平衡，通过药物的性味归经来调节脏腑功能。例如，寒证用温热药，热证用寒凉药。而蒙药以蒙古族传统医学理论为依据，蒙医认为人体由三根（赫依、希拉、巴达干）和七素（饮食精华、血、肉、脂、骨、髓、精液）组成，疾病的产生是三根之间的平衡失调。蒙药的应用旨在恢复三根的平衡，其用药思路与中医有明显区别。
在药材来源方面，中药的取材广泛，涵盖植物、动物、矿物等多个类别。植物药是中药的主体，如人参、黄芪、当归等；动物药有全蝎、蜈蚣、地龙等；矿物药包括石膏、龙骨、牡蛎等。这些药材分布于全国各地，不同地区的气候、土壤等环境因素造就了丰富多样的药材资源。蒙药的药材来源主要是蒙古族聚居地区的天然药用植物、动物和矿物。由于蒙古地区独特的地理环境和气候条件，生长着许多特有的药用植物，如蒙古山萝卜、沙棘、锁阳等。这些药材具有适应干旱、寒冷等恶劣环境的特性，也使得蒙药具有独特的药效。
炮制方法是中药和蒙药的又一重要区别。中药的炮制方法历史悠久且种类繁多，包括炒、炙、煅、蒸、煮等。不同的炮制方法可以改变药物的性能，增强疗效，降低毒性。例如，酒炙可以引药上行，醋炙能增强药物的止痛作用。蒙药的炮制方法相对具有民族特色，其炮制过程注重保持药材的天然特性，同时也会采用一些特殊的处理方法，如用牛奶、酥油等炮制药物。这种炮制方法可以使药物更好地发挥疗效，并且符合蒙古族的传统用药习惯。
用药特点上，中药讲究配伍，通过君臣佐使的原则将多种药物组合使用，以达到协同增效、降低毒副作用的目的。一个中药方剂往往由多味药物组成，各药物之间相互配合，共同发挥治疗作用。例如，麻黄汤由麻黄、桂枝、杏仁、甘草四味药组成，各药分工明确，共同起到发汗解表、宣肺平喘的功效。蒙药则更强调单味药的使用，虽然也有复方制剂，但相对较少。蒙药单味药的用量较大，其用药方式更加直接，注重药物的单一疗效。
在临床应用方面，中药在治疗各种疾病方面有着广泛的应用，包括内科、外科、妇科、儿科等多个领域。中医通过辨证论治，根据患者的症状、体征、舌象、脉象等综合信息进行诊断和治疗，注重整体调理。蒙药在临床上主要用于治疗蒙古族传统医学所认识的疾病，如胃肠疾病、关节疾病、皮肤病等。蒙医在诊断和治疗过程中，结合蒙古族的生活习惯和环境因素，采用独特的治疗方法和用药方案，对一些疾病具有显著的疗效。