细菌作为地球上数量最多的生物群体，具有极其多样的分类方式。了解这些分类方式，有助于我们更深入地认识细菌的特性和功能。以下将详细介绍几种常见的细菌分类方式。
按形态分类是最直观的细菌分类方法。细菌的基本形态主要有球状、杆状和螺旋状。球状细菌被称为球菌，它们可以单个存在，也能以双球、链球、葡萄球等形式聚集。例如，肺炎双球菌常成对排列，可引发肺炎等疾病；金黄色葡萄球菌呈葡萄串状排列，是常见的病原菌，能导致多种感染。杆状细菌即杆菌，其形态多样，有短杆状、长杆状、棒状等。大肠杆菌就是典型的杆菌，它在人和动物的肠道中广泛存在，多数情况下是无害的，但某些菌株可能会引起腹泻等肠道疾病。螺旋状细菌包括弧菌、螺菌和螺旋体。霍乱弧菌呈弧形，是引起霍乱的病原体；梅毒螺旋体则是导致梅毒的元凶，其形态细长且螺旋弯曲。
革兰氏染色是一种重要的细菌鉴别方法，根据染色结果可将细菌分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。革兰氏阳性菌细胞壁较厚，主要由肽聚糖组成，染色后呈紫色。这类细菌包括金黄色葡萄球菌、链球菌等，它们通常对青霉素等抗生素敏感。青霉素能够抑制肽聚糖的合成，从而破坏细菌的细胞壁，达到杀菌的目的。革兰氏阴性菌细胞壁较薄，但结构复杂，除肽聚糖外，还含有外膜。染色后呈红色。大肠杆菌、绿脓杆菌等属于革兰氏阴性菌，它们对青霉素的敏感性较低，而对链霉素、庆大霉素等抗生素更为敏感。这是因为外膜可以阻止某些抗生素进入细菌内部。
根据生存方式，细菌可分为自养菌和异养菌。自养菌能够利用光能或化学能，将无机物转化为自身所需的有机物。光能自养菌如蓝细菌，含有叶绿素等光合色素，能进行光合作用，利用光能将二氧化碳和水转化为糖类等有机物，同时释放出氧气。化学能自养菌则通过氧化无机物来获取能量，例如硝化细菌，它可以将氨氧化为亚硝酸，再进一步氧化为硝酸，从中获得能量来合成有机物。异养菌不能自己制造有机物，必须从外界获取现成的有机物作为营养来源。它们又可分为腐生菌和寄生菌。腐生菌以动植物的遗体、排泄物等为食，在生态系统中扮演着分解者的角色，促进物质循环。寄生菌则生活在其他生物体内或体表，从宿主身上获取营养，往往会导致宿主生病。例如，结核杆菌寄生在人体肺部，引发肺结核。
按对氧气的需求，细菌可分为好氧菌、厌氧菌和兼性厌氧菌。好氧菌必须在有氧气的环境中才能生存，它们通过有氧呼吸获取能量。例如，枯草芽孢杆菌就是一种好氧菌，广泛存在于土壤中，参与有机物的分解和转化。厌氧菌则在无氧或低氧环境中生长良好，氧气对它们有毒害作用。破伤风杆菌就是典型的厌氧菌，它通常存在于土壤和粪便中，当伤口较深且缺氧时，破伤风杆菌容易在伤口内繁殖，产生毒素，导致破伤风。兼性厌氧菌既能在有氧环境中生存，也能在无氧环境中生存。它们在有氧时进行有氧呼吸，无氧时进行无氧呼吸或发酵。大肠杆菌就是兼性厌氧菌，在肠道内无氧的环境中可以生存，在外界有氧的环境中也能生长。
从致病性角度，细菌可分为致病菌和非致病菌。致病菌能够引起人类、动物或植物生病。例如，伤寒杆菌可引起伤寒病，患者会出现持续发热、腹痛、腹泻等症状；痢疾杆菌会导致痢疾，引起腹痛、腹泻、黏液脓血便等。非致病菌一般不会引起疾病，有些还对生物体有益。例如，双歧杆菌是人体肠道内的有益菌，它可以调节肠道菌群平衡，增强肠道免疫力，促进营养物质的消化和吸收。乳酸菌也是常见的有益菌，在食品工业中广泛应用，可用于制作酸奶、泡菜等发酵食品，不仅能改善食品的口感和风味，还具有一定的保健作用。